建邺高级中学由原南湖高级中学南苑校区和上新河校区整合组成。南湖高级中学南苑校区原为南湖一中高中部。南湖一中建于1985年，1988年设立高中部。2004年南湖一中初、高中分离，高中部迁入文体路99号南苑新校址办学，成立南湖高级中学。上新河校区原为上新河中学高中部，办学历史可以追溯到20世纪50年代。1996年，上新河中学高中部成为南京五中高中寄宿制分校。2002年南京新一轮区划调整，南京五中划归白下区以后，上新河中学高中部于2004年成为南湖高级中学上新河校区。2004年南湖高级中学创建为江苏省三星级高中。2007年4月，南湖高级中学南苑、上新河两校区实行全面整合，在文体路99号南苑校址集中办学，学校更名为南京市建邺高级中学。2007年11月，建邺高级中学创建为江苏省四星级高中。2013年，建邺高级中学新校区（富春江东街80号）建成启用。2016年7月，建邺高级中学整体搬迁至富春江东街校区。